脑积水绝大部分是不能自愈的，部分患者经过治疗以后可以治愈，但绝大数患者需要通过分流手术来治疗。治疗的药物包括抑制脑脊液分泌的药物，如醋氮酰胺，还有降低颅内压的药物，如利尿剂和渗透性利尿剂甘露醇。手术治疗主要是分流术，可以采取侧脑室-腹腔分流术、腰大池-腹腔分流术，并且在临床上应用已经非常广泛，治疗效果也比较好。
另外，侧脑室-腹腔分流术适用于交通性和非交通性脑积水，而腰大池-腹腔分流术适用于交通性脑积水，不适用于梗阻性脑积水。另外，目前还比较流行第三脑室造瘘术，适用于梗阻性脑积水。